Será a continuación cuando comienza la repoblación de la zona que parece iniciarse por la denominada ruta de la Plata, de la que llegaban pobladores fundamentalmente de la Cornisa Cantábrica, el País Vasca y Galicia, quienes se instalarán en lugares ganados al dominio musulmana. En este momento el actual municipio pasó a llamarse Criada y Paterna de los Judíos, el primer nombre documentado con el que se conoció a Palomares del Río.

Atendiendo a los apellidos actuales presentes en Palomares del Río, pueden observarse como sus lugares de origen se sitúan al norte y oeste de España (ejemplos significativos son: Casado, de origen gallego y Vela, de procedencia vasca): Lo mismo ocurre con los topónimos utilizados en fincas y haciendas. Como muestra encontramos la Hacienda Ulloa, nombre de origen gallego y a la vez judaico.

Los repobladores que llegaron con las huestes de Fernando III, consiguieron en Palomares del Río heredamientos, tierras y donadíos. Constan que obtuvieron recompensas en este Municipio: los Baena, los Casados, los Vela, los Gómez, Ulloa e incluso el cabildo catedralicio.

La forma de vida de los repobladores de la comarca aljarafeña estaban en estrecha relación con los condicionamientos políticos del momento, ya que la zona estaba expuesta a las incursiones de benameríes y a las ofensivas procedentes del Reino Nazarí de Granada. En esta línea, destaca el hecho de que la zona de la comarca después de la conquista se convierta en área de conflicto debido a la presencia de población de mudéjares, que dedicados al cultivo de la tierra, se sublevaron en diferentes ocasiones como consecuencia de la relación con los castellanos , situación que finaliza en el año 1264, fecha en la que se produce su expulsión.

Una vez repoblada y repartida la zona., se produce un traslado de judíos a Palomares del Río procedentes de la judería sevillana, de ahí que la documentación del s. XV aparezca dicha población con el nombre de Paterna de los Judíos o de Criada. Este poblamiento estaría situado en lo que es actualmente la finca Eugena, que anteriormente fue alquería árabe. Posteriormente, esta finca dio nombre a un título nobiliario, Condado de Ugena e incluso el lugar acogió a una ermita , actualmente desaparecida.

Ahora bien, el nombre por el que se conoce hoy a Palomares pudo ser consecuencia de dos hechos, Por un lado se ha comprobado que existió un título nobiliario con el nombre actual del municipio, el cual, se pierde en el siglo XIX sin que nadie llegara a reclamarlo. Se tiene constancia de que el repartimiento de Sevilla después de la conquista de uno de los titulares de este ´titulo nobiliario, obtiene un importate donadío en lo que actualmente es Palomares. De esta forma, se puede establecer una relación directa ente el título nobiliario y el nombre de Palomares.
br> Por otro lado, algunos de los repobladores, tenían escudo de armas, por ser nombre e hidalgos, en este sentido, es curioso observar como la mayoría de los escudos de armas vascos, tienen la paloma como elemento reiterativo. Por último, es conocido la significación que para la iglesia ha tenido y tiene la paloma con símbolo, por lo que es necesario añadir otro dato: el donadío obtenido por el cabildo catedralicio llamado El Paulín, que incluía entre sus símbolos a la paloma.